Используя обычную телефонию и каналы общего пользования, не всегда можно быть уверенным в их безопасности на предмет несанкционированного доступа. Каналы могут прослушиваться специальными структурами и людьми имеющими доступ к этим каналам. С помощью IP-телефонии возможно значительно снизить риск вторжения сторонних лиц в конфиденциальный разговор. Изначально считалось, что самым защищенными были каналы Skype, так и было использую пиринговую сеть давал уверенность в безопасности пока Skype не выкупила компания Microsoft. Одним из самых лучшим способов обеспечения безопасности является использование VPN туннелей, по протоколу IPsec (IP Sеcurity), между офисами либо своими сотрудниками. IPsec гарантирует высокую криптозащищённость данных как сигнализации по протоколу SIP так и медиа потока RTP.
К тому же протокол SIP предоставляет возможность использовать шифрование по протоколу TLS (Trаnspоrt Layerс Sеcurity) транспортного уровня, он гарантирует защиту сигнализации между устройствами, используя сертификаты. Для защищенной передачи голоса используется протокол SRTP (Secure Real-time Transport Protocol), важное его достоинство это не влияния на качество голосовой связи.
Существует еще одна более сложная реализация защиты голоса, это протокол ZRTP, его суть заключается в обмене ключей по алгоритму Диффи — Хелмана для организации SRTP.